สำนักงานเกษตรอำเภอคลองเขื่อน เป็นหน่วยงานหนึ่งในสำนักงานเกษตรจังหวัดฉะเชิงเทรา สังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ โดยมีหน้าที่วางแผนและส่งเสริมการวางแผนการผลิตการเกษตรในอำเภอ ส่งเสริมและพัฒนาเกษตรกร องค์กรเกษตรกรและวิสาหกิจเกษตรของชุมชน ส่งเสริมและประสานถ่ายทอดความรู้ด้านการผลิต การจัดการผลผลิต พืช ประมง และปศุสัตว์ ให้บริการและส่งเสริมอาชีพการเกษตรทุกสาขา ปฏิบัติงานร่วมกัน หรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
