สภาพพื้นที่เป็นที่ราบลุ่มมีความสูงจากระดับน้ำทะเล ประมาณ 1 – 9 เมตร พื้นที่ทั้งหมดตั้งอยู่ในเขตชลประทาน โครงการชลประทานพระองค์ไชยานุชิต และโครงการชลประทานหลวงรังสิตใต้ มีแม่น้ำและลำคลองไหลผ่านหลายสาย ได้แก่ แม่น้ำบางปะกงอยู่ทางทิศตะวันออกของอำเภอกั้นเขตอำเภอบางน้ำเปรี้ยว กับอำเภอบ้านสร้าง จังหวัดปราจีนบุรี แม่น้ำนครนายกอยู่ทางทิศเหนือของอำเภอ กั้นเขตแดนบางส่วนของอำเภอบางน้ำเปรี้ยว กับอำเภอองค์รักษ์ จังหวัดนครนายก และอำเภอบ้านสร้าง จังหวัดปราจีนบุรี คลองแสนแสบหรือคลองบางขนากเป็นคลองขุดเชื่อมต่อระหว่างแม่น้ำเจ้าพระยากับแม่น้ำบางปะกง คลองนครเนื่องเขตคลองนี้เป็นคลองที่ขุดเชื่อมแม่น้ำบางปะกงกับคลองแสนแสบ นอกจากนี้ ในท้องที่อำเภอบางน้ำเปรี้ยวยังมีคลองขุดคลองซอยไหลผ่านอีกหลายสาย เช่น คลองพระองค์ไชยานุชิตหรือคลองเจ้า คลอง 14 คลอง 15 คลอง 16 คลอง 17 คลอง 18 คลอง 19 คลอง 20 คลอง 21 และคลองหกวา ซึ่งคลองต่าง ๆ เหล่านี้เชื่อมโยงติดต่อกันได้ทั่วอำเภอ
ข้อมูลด้านทรัพยากรธรรมชาติที่สำคัญ
พื้นที่อำเภอบางน้ำเปรี้ยว ไม่มีพื้นที่ป่าไม้หรือป่าสงวนแห่งชาติ ประชาชนส่วนใหญ่ประกอบอาชีพทางการเกษตร ไม่มีปัญหาสิ่งแวดล้อม พื้นที่ที่มีโรงงานอุตสาหกรรมได้มีการกวดขันมิให้มีการปล่อยน้ำเสียจากโรงงานอุตสาหกรรมลงในแหล่งน้ำสาธารณะ